2019年復旦大學875生物信息學考研大綱

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875生物信息學考試大綱

一、考試內容范圍

生物信息學是一門綜合交叉學科，是采用信息科學、計算機科學和數學等學科的觀點和方法對生命的現象及其組成分子(核酸、蛋白質等)進行研究，主要研究生命中的本質和規律，包括物質組成、結構功能、生命體的能量和信息交換傳遞等。

知識結構：

★ 生物信息學概論和數據庫

★ 序列數據的收集和存儲

★ 基因組序列組裝和基因注釋

★ 基因結構元件識別和分析

★ 雙序列與多序列比對

★ 數據庫檢索算法

★ 序列變異研究的算法與進化分析

★ 基因表達與調控網絡

★ 表觀遺傳學數據分析

★ 蛋白質分類與結構預測

考核內容：

了解生物信息學概念、研究方向和發展趨勢，并熟悉重要的生物信息中心和常用數據庫。

了解不同類型序列數據的獲取方式，掌握常用的序列存儲格式及轉換方式。

掌握常用序列聯配算法，了解打分矩陣及空位罰分算法，并理解多重序列比對與進化分析的關系。

理解進化分析與親緣樹的關系，掌握三種進化分析算法(最大似然法、距離法和最大簡約法)。

掌握轉錄組分析基本方法，理解基因表達差異分析的算法。

了解染色質免疫共沉淀技術，掌握ChIP-Seq數據處理流程和下游分析流程。

掌握蛋白質結構的組成和層次，理解序列相似性與結構相似性同蛋白質分類之間的關系，掌握蛋白質結構預測方法，包括二級結構和三級結構。

二、試卷結構

試卷滿分150分。序列分析算法、數據庫搜索工具、進化分析原理約占80分左右，新一代測序數據分析、表觀遺傳及相關生物信息學工具和分析等約占70分。

三、參考書目

陳銘生物信息學科學出版社2018年09月第三版